Pada tahun 2000, UNPAR ditetapkan sebagai perguruan tinggi swasta pertama di Indonesia yang menyelenggarakan program studi pada jenjang Doktor (S3). Saat ini UNPAR menyelenggarakan empat Program Doktor, yaitu Doktor Ilmu Ekonomi, Doktor Ilmu Hukum, Doktor Ilmu Teknik Sipil, serta Doktor Arsitektur.
Berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 184/U/2001 tentang Pedoman Pengawasan Pengendalian dan Pembinaan Program Diploma, Sarjana dan Pascasarjana di Perguruan Tinggi, maka masa berlaku paling lama (maksimum) untuk ijin penyelenggaraan program studi jenjang S3 adalah tiga tahun.
Pada tanggal 20 Juli 2010, Rektor UNPAR menerima SK Perpanjangan Ulang Ijin Penyelenggaraan Program Studi untuk Program:
– Doktor Ilmu Ekonomi – Nomor: 3031/D/T/K-IV/2010
– Doktor Ilmu Hukum – Nomor: 3032/D/T/K-IV/2010
– Doktor Arsitektur – Nomor: 3030/D/T/K-IV/2010
Penyerahan tersebut dilakukan di Kantor Kopertis Wilayah IV oleh Prof. Dr. Ir. Abdul Hakim Halim, M.Sc. Ijin perpanjangan ulang tersebut berlaku untuk tiga tahun ke depan sampai dengan tanggal 7 Maret 2013.
